www.ysbm.net > trEmBl数据库

trEmBl数据库

PIR数据库按照数据的性质和注释层次分四个不同部分,分别为PIR1、PIR2、PIR3和PIR4.PIR1中的序列已经验证,注释最为详尽;PIR2中包含尚未确定的冗余序列;PIR3中的序列尚未加以检验,也未加注释; 而PIR4中则包括了其它各种渠道

最简单的定义就是数据格式里包含timestamp字段的数据.比如股票市场的价格,环境中的温度,主机的CPU使用率等.

当前比较流行的Web数据库主要有:SQL Server、MySQL和Oracle.这3种数据库适应性强,性能优异,容易使用,在国内得到了广泛的应用 1.SQL Server 是微软公司从Sysbase获得基本部件的使用许可后开发出的一种关系型数据库.目前最新

dfshesh

我原来常用的:NCBI:持有INSDC的节点.网站上有核酸、蛋白、基因名、基因组名等等的搜索工具,以及BLAST序列比对搜索工具,PUBMED文献数据库,Taxonomy数据,COG蛋白家族库等等.FTP可以下到它全部的数据库,BLAST的单

UniProtKB/TrEMBL收录的则是高质量的经计算机分析后进行自动注释和分类的序列.计算机辅助注释使用的是Spearmint规则,而人工注释依据的则是蛋白质家族规则,包括HAMAP家族规则(HAMAP family rules)、RuleBase规则、PIRSF分类命名规则以及位点规则.UniProtKB/TrEMBL还收录了所有EMBL-Bank/ GenBank/DDBJ核酸序列数据库中的编码序列的翻译后蛋白质序列和来自拟南芥信息资源库(TAIR)、SGD和人类Ensembl数据库中序列的翻译后蛋白质序列.

你直接在PBD主页上的pbd ID or text 里输入你的蛋白ID,也就是1SA1和1SA0,就能查到你要的蛋白质了.蛋白ID旁边有个Download Files,点击后选择你要下载的文件格式即可下载.

GenBank 是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库.每条纪录都有编码区(CDS)特征的注释,还包括氨基酸的翻译.GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织,包括EMBL和DDBJ.完整的GenBank数据库包括序列文件,

基因组注释分析主要包括哪些内容 基因组注释包括以下方面的内容:(1) 重复序列的预测.通过比对已知的重复序列数据库,找出序列中包含的重复序列,识别类型并转化为N或者X,统计各种类型重复序列的分布.(2) 编码基因的预测.通过

蛋白质结构数据库,一般用PDB,还有其他衍生出来的数据库,比如DSSP,HSSP等等.如果要差序列结构,在NCBI中也可以差,EMBL中也都有,不过建议在PDB中查看,将文件下载下来,用一些常用的软件进行查看,并且可以看到一级,二级等高级结构,或者模拟结构.

网站地图

All rights reserved Powered by www.ysbm.net

copyright ©right 2010-2021。
www.ysbm.net内容来自网络,如有侵犯请联系客服。zhit325@qq.com